Der Roman schildert das Schicksal einer Reihe afroamerikanischer Sklaven und ihrer jeweiligen Besitzer in den vierziger Jahren des 19. Jahrhunderts in den Vereinigten Staaten von Amerika.

Die Titelfigur „Onkel Tom“ ist ein Sklave in Kentucky, der von seinem Besitzer Mr. Shelby aus Finanznot verkauft wird und nach dem überraschenden Tod seines zweiten Herrn, der ihn freilassen wollte, in die Hände eines brutalen Plantagenbesitzers gerät. Dieser misshandelt ihn zu Tode, da er sich nicht beugt, sondern seinen Idealen treu bleibt. Mr. Shelbys Sohn Robert versucht nach dem Tod seines Vaters vergeblich, das Tom gegebene Versprechen einzulösen, ihn zurückzukaufen, kann ihn aber nur begraben mit dem Versprechen, gut für seine Familie zu sorgen. Daraufhin lässt er seine Sklaven frei, um sie gegen Bezahlung in seinen Dienst zu nehmen.

Parallel dazu wird die Geschichte der Sklavin Eliza, die aus dem gleichen Haushalt wie Tom stammt, ihres Mannes George und ihres Sohnes Harry erzählt, denen mit Hilfe von Quäkern die Flucht nach Kanada gelingt. Dort treffen sie auf Georges Schwester und Elizas Mutter, die beide ebenfalls auf unterschiedlichen Wegen der Sklaverei entronnen sind, und wandern am Ende nach Frankreich aus, wo George studieren will.